Именно 1 мая 1839 считается датой основания компании Patek, Czapek & Cie в Женеве. К тому времени, польский эмигрант Антони уже имел свою мастерскую, где он встраивал в корпуса готовые калибры, как и большинство часовых компаний XIX века. Вместе с шестью помощниками, компания выпускала в год около 200 карманных часов.

Знаменательная встреча с талантливым французским часовщиком Жаном-Андрианом Филиппом случилось через 5 лет со дня основания компании – в Париж на выставку Антони привез свой товар и заинтересовался новым изобретением Жана – заводной головкой, встроенной в сами часы. Для того времени это было новаторское открытие, не принятое современниками. Договор с Чапеком заканчивался, компаньоны не очень ладили, и к взаимному удовольствию фирма получила свое развитие как Patek & Cie, куда уже вошел новый часовщик из Франции.

Жан-Андриан Филипп был сыном часовщика и с детства обучался ремеслу. В 18 лет он покинул дом отца и ушел на заработки. Он набирался опыта в мастерских в Гавре, в Лондоне, вместе с компаньоном открыл собственную фабрику в Версале и, наконец, разработал механизм заводной головки. На момент сотрудничества с Патеком ему было 30 лет.

В те годы индустрия только начала вступать на пусть механизации производства и Жан-Адриан Филипп с Антуаном Норбером де Патек (так он стал называть себя еще в 1841 году) были в рядах пионеров, оценивших перспективу нового подхода. Между собой они разделили обязанности так: Патек занимался маркетингом и сбытом, Филипп занимался производством и разработкой новых моделей. Высокое качество часов, их точность и сложность, и как следствие ограниченность партий, сделали их элитарными.

В рабочих поездках по Европе и за океан Антуан находил все новых и новых приверженцев своей продукции, причем и среди особ королевских кровей. Одни из первых часов были преподнесены королеве Виктории во время всемирной выставки 1851 года в Хрустальном дворце в Лондоне. Также в списке выдающихся клиентов фирмы Patek Philippe можно назвать Папу Пия IX, Кристиана IX и Луизу (короля и королеву Дании), Виктора Эммануила III (короля Италии и герцога Савойи) и Хуссейна Гамаля (принца Египта с 1914 по 1917 год). С 1870 года часы Patek Philippe завоевали рынки Южной Америки и Китая.

В это время Филипп разрабатывает и патентует множество изобретений: прыгающая секундная стрелка, рывками отсчитывающая каждую секунду, механизм, позволивший позже создать автоматический часовой подзавод, устройство для регулировки хода часов.

После смерти Антуана Норберта де Патека в 1877 году Жан-Адриан Филипп принял на себя ответственность за поддержание философии компании. В 1889 году Patek Philippe подала заявку на патентование вечного календаря, который не требовал корректировки владельцем дат для месяцев с разным количеством дней или поправок на високосный год. В январе 1891 года, за три года до своей смерти, Жан-Адриан Филипп передал управление компанией своему сыну Жозефу-Эмилю.

1 февраля 1901 года компания была преобразована в акционерное общество Ancienne Manufacture d'Horlogerie Patek Philippe & Cie, S.A. После смерти Жозефа-Эмиля Филиппа, наступившей 7 августа 1907 года, его сын Адриен стал последним работавшим в компании представителем двух семей, основавших ее.

Компания продолжала выпуск часов с усложнениями: карманные часы, отбивавшие часы и четверть часы, и игравшие Вестминстерскую мелодию на пяти звонках (1909 г.); первые сложные женские часы с пятиминутным репетиром (1916 г.); первый наручный сплит-хронограф (1922 г.); первые наручные часы с вечным календарем (1925 г.); первый наручный обычный хронограф или сплит-хронограф (1927 г.); карманные часы с музыкальным звонком Jocelyn, одни из тринадцати сложных часов, изготовленных для Джеймса Ворда Паккарда; астрономические карманные часы Packard (1927 г.).

Экономический кризис 1929 года вынудил Адриена Филиппа продать компанию братьям Чарльзу и Жану Штернам, владельцам компании Fabrique de Cadrans Stern Freres и эксклюзивным поставщикам циферблатов для Patek Philippe. Это стало новой эпохой в истории компании.

Братья Штерн назначили Жана Пфистера председателем совета директоров. Он оказался настойчивым и умелым работником, решительно настроенным на овладение в деталях всеми производственными процессами изготовления часов. Именно под его руководством были созданы одни из самых сложных часов всех времен, а в то время – самые сложные с 24 функциями карманные часы для банкира Генри Грейвса. В декабре 1999 они были проданы с аукциона Sotheby’s за рекордную сумму в 11 млн. долларов.

В 1944 году калибры компании Patek Philippe для наручных часов завоевали первый приз на соревнованиях по точности хода, проведенных в Женевской обсерватории. Четыре года спустя компания сформировала отдел электроники, предназначенный для разработки совершенно нового направления в изготовлении часовых механизмов – электрических, электронных и кварцевых.

Жан Пфистер ушел на пенсию в 1958 году, передав бразды правления компанией Генри Штерну – сыну Чарльза Штерна.

Генри Штерн возглавлял нью-йоркское отделение компании Patek Philippe с 1936 года, а затем на протяжении двадцати лет руководил заводом. Под его руководством на заводе были выпущены часы с турбийоном, рычажным анкерным механизмом, а также со свободно колеблющейся балансовой пружиной – в 1962 году они установили до сих пор непревзойденный рекорд точности, зафиксированный Женевской обсерваторией.

В 1978 году на пост президента компании был назначен Филипп Штерн – сын Генри Штерна. Таким образом во главе компании встал представитель уже третьего поколения семейства Штернов.

В 1989 году, празднуя 150-летнюю годовщину своего основания, компания Patek Philippe представила публике Calibre 89. На создание этих часов ушло девять лет упорного труда, и до сих пор они по праву считаются самыми сложными часами в мире. Они насчитывают 33 функции: часы, будильник и «вечный» календарь, показывающий день недели, дату, месяц, четверть суток и год в високосном цикле, имеется турбийон, термометр, сплитхронограф, минутный репетир, звездная карта с вариантами Северного и Южного полушарий и прочее. Стоимость Calibri-89 достигает $3 миллионов.

В 1996 году компания Patek Philippe ввела в строй сверхсовременный комплекс по производству самых совершенных в мире механических часов. В новых зданиях компании в пригороде Женевы с названием План-ле-Куат под одной крышей были объединены все ее рабочие и служащие, занятые в самых разных сферах деятельности: разработка и внедрение, производство, контроль качества, продажа и другие службы.

Современные коллекции для мужчин и женщин состоят из четырех серий. Calatrava – классические круглые наручные часы, названные в честь символа Patek Philippe. Постоянно выпускаемая и пользующаяся чрезвычайным успехом во всем мире классическая модель, дизайн которой первоначально был создан в 1932 году.

Серия Nautilus пользуется успехом уже более четверти века. Водостойкий корпус своим дизайном похож на корабельную амбразуру. В настоящее время считается чрезвычайно элегантными спортивными часами современного стиля.

Golden Ellipse характерен своим удлиненным  эллиптическим очертанием. Этот дизайн, первоначально появившийся в 1968 году,  базируется на «золотом сечении» – одном из принципов классической архитектуры, входящим в теорию «божественных» пропорций.

Gondolo – прямоугольные или округленные очертания современных часов, чей дизайн вдохновлен эрой ар-деко.

Сегодня фирма Patek Philippe включает в себя основные производственные цеха и главный офис в План-ле-Куат,  цеха по производству браслетов и корпусов в Перли,  Музей фирмы Patek Philippe в Женеве, а также салоны в Женеве и Париже.  С целью сохранить свою независимость и обеспечить исключительное качество продукции в соответствии с требованиями своих собственных стандартов фирма Patek Philippe в настоящее время приобрела два специализированных  производства:  фирму Calame в Ла-Шо-де-Фон – производителя корпусов часов и фирму Ergas в Трамелане – специализировавшуюся на производстве масла. Обе компании расположены в Юре.